除了大腸癌篩查外，大腸鏡對於治療其他腸道疾病亦相當重要，例如原發性大腸炎、結直腸炎或結腸炎，這類病人因為自身白血球攻擊大腸黏膜而出現炎症，會有肚痛、大便稀爛，嚴重甚至會有便血的徵狀，如果及早發現和治療可以避免惡化。另外如憩室病，大腸鏡可以將出血的憩室用夾仔幫助止血。
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